Unità di Bioinformatica

L’unità di Bioinformatica produce ricerca teorica propria e supporta la ricerca scientifica dell’intera struttura tramite la gestione ed analisi dei dati biologici ottenuti in laboratorio e attraverso metodi informatici e statistici. La sua principale attività si articola nei settori della biologia dei sistemi, bioinformatica e high performance computing. In particolare, l’unità modella i processi biologici tramite networks, linguaggi formali e strutture dati complesse per:

  1. Analizzarne le proprietà strutturali, statiche e dinamiche (topology inspection, importance ranking, logic properties verification, pedigree analysis);
  2. Simularne le macro-attività complesse

L’unità si occupa inoltre di:

  1. Analisi di dati di NGS (targeted resequencing, exon counting, small InDels and SNPs call, splicing fusion and CNVs finding);
  2. Analisi di dati di Microarray (pre-processing, CNVs finding, allele-specific genotyping);
  3. Analisi dei rischi potenziali delle mutazioni genetiche secondo i coinvolgimenti proteici strutturali e le evidenze di conservazione ancestrale.

Ogni attività comprende la progettazione di strumenti software custom, ottimizzati per essere eseguiti su architetture hardware non convenzionali e ad alte prestazioni.

Algoritmi e Software

  1. Ocean è un framework progettato e realizzato per analizzare i modelli biologici attraverso algoritmi paralleli ed architetture hardware ad alte prestazioni.
  2. Ranker è un modulo di Ocean progettato per misurare le proprietà strutturali delle reti biologiche.
  3. Sweeper è un modulo di Ocean pensato per esplorare lo spazio dei parametri dei modelli biologici ed analizzarne le proprietà oscillatorie.
  4. spPeAn è un pacchetto software standalone progettato per simulare il ciclo di vita di budding yeast in ambiente stocastico e in modo massimamente parallelo.
  1. Microsoft Research (COSBI), Italy
  2. Centre for Integrative Biology (CIBIO), Italy
  3. University of Calabria, DEIS, Italy
  4. Ca’ Foscari University of Venezia, Italy
  5. Magna Græcia University of Catanzaro, Italy
  6. INRIA Rennes Bretagne Atlantique, France
  7. INRIA École normale supérieure – France
  8. Virginia Polytechnic Institute and State University Blacksburg, VA, USA
  9. Masaryk University, CZ
  • Tommaso Mazza, PhD
  • Stefano Castellana, PhD
  • Caterina Fusilli, PhD
  • NVIDIA – Professor partnership
  • Microsoft – Research grant

Team Leader

Nome Tommaso Mazza, PhD
Divisione Istituto CSS Mendel
Contatti t.mazza@css-mendel.it